Kantor Kementerian Agama Kabupaten Ende pada setiap hari Rabu melaksanakan pembinaan rohani. Kegiatan pembinaan rohani ini dilaksanakan oleh Seksi Urusan Agama Islam dan Penyelenggaraan Haji, Seksi Urusan Agama Katolik dan Penyelenggara Bimbingan Masyarakat Kristen. Kegiatan pembinaan rohani ini biasanya melibatkan para pegawai di lingkup kantor kementerian agama kab.Ende. Namun pada tanggal,07 Februari 2011, Kepala Seksi Urusan Agama Katolik atas dukungan Bapak Kepala Kantor Kementerian Agama Kab. Ende, melaksanakan Misa Tematis bersama segenap keluarga para pegawai beragama Katolik pada kantor kementerian agama kabupaten Ende.Kegiatan misa ini dipimpin oleh pastor paroki Onekore Ende (P. Tarsisius Djuang, SVD). Perayaan misa ini dimaknai sebagai berkat untuk karya bhakti sepanjang tahun 2011.